ทิศนา แขมณี (2557) ได้ประมวลสาเหตุสำคัญ ที่ทำให้การเรียนการสอนทักษะกระบวนการคิดยังขาดประสิทธิภาพไม่บรรลุผลตามที่คาดหวังโดยพิจารณาตามหลักการเรียนรู้ และการสอนทักษะกระบวนการ สรุปไว้ได้เป็นจำนวนถึง 13 ประการ โดยมีสาระสำคัญที่งานวิจัยชุดนี้ ได้พยายามที่จะตอบโจทย์ คือ 

(1) ทักษะการคิดเป็นทักษะที่ยากกว่าทักษะอื่น ๆ เพราะเป็นทักษะที่เกิดขึ้นภายใน(สมอง) มองไม่เห็นและเป็นนามธรรมมากกว่าทักษะอื่น ทำให้เข้าใจได้ยากเพราะมีความไม่เข้าใจ มีความคลุมเครือ ทั้งความหมาย กระบวนการ หรือ ขั้นตอนการดำเนินการคิดของทักษะ

  
(2) ทักษะการคิดมีหลากหลายประเภทและมีความแตกต่างกันในแต่ละประเภท การขาดความเข้าใจชัดเจนในความแตกต่างกันของการคิดแต่ละลักษณะ หรือ แต่ละประเภท ทำให้การสอนขาดความชัดเจน  

(3) ทักษะการคิดเป็นทักษะที่วัดและประเมินได้ยาก ครูผู้สอนต้องการความช่วยเหลือมากทั้งในเรื่องเครื่องมือ วิธีการวัดและประเมินผล เพื่อให้สามารถสนองตอบความต้องการของหลักสูตร

 
(4) ทักษะการคิดเป็นทักษะที่ครูผู้สอนไม่เคยได้เรียนรู้อย่างเป็นทางการและอย่างเฉพาะเจาะจง

มาก่อน การสอนคิดอย่างจงใจ(intentional teaching) เพิ่งปรากฏในหลักสูตรครุศาสตร์–ศึกษาศาสตร์ มาไม่นานนัก ดังนั้น ครูประจำการส่วนใหญ่จึงไม่มีประสบการณ์ในการสอนทักษะนี้โดยตรง ซึ่งหมายถึงการสอนที่มิใช่เพียงการส่งเสริมให้ผู้เรียนคิดในสาระการเรียนรู้ต่าง ๆ เท่านั้น แต่เป็นการสอนที่ช่วยให้ผู้เรียนเข้าใจด้วยว่าทักษะนั้นคืออะไร และสามารถดำเนินการคิดตามกระบวนการของทักษะนั้น ได้อย่างไร

​

(5) เนื่องด้วยสาเหตุ 4 ประการที่กล่าวมาข้างต้นประกอบกับ การไม่ได้รับความช่วยเหลืออย่างเพียงพอ ทำให้ครูผู้สอนขาดความรู้ความเข้าใจที่ชัดเจนเพียงพอในสาระสำคัญของทักษะการคิดที่สอน โดยเฉพาะอย่างยิ่งในความหมาย และกระบวนการ หรือ ขั้นตอนการดำเนินการของทักษะนั้น ๆ

​